目前，被人们开发的，共有五大谜窟。一号谜窟：它是七个谜窟中最小的一个，地面面积约300平方米，呈近正方形，地面平整，矩形方池在进口处下方。因支撑面小，只有一根擎柱。窟顶分高低两层，相差约50厘米，就像擎柱顶着大梁而把一间大厅一分为二一样。该洞窟进口处与竹林禅寺仅一墙之隔。离窟口不远处有一鱼、马、鸟三种动物雕刻图，这是在已抽干的七个谜窟中唯一的图像雕刻。

二号谜窟：二号谜窟比一号谜窟大3倍，其地面面积约900平方米，也近正方形，靠北边尚有小部分未完工，因窟顶支撑面大，有四根立柱，其中三根鱼尾形立柱尖头朝北，靠东一根尖头朝东，矩形方池南壁中部。

三号谜窟：三号谜窟比二号谜窟大，地面面积约1200平方米，但高低相差悬殊，窟顶呈45度斜面从南延伸到北壁，地面几乎也呈45度斜坡伸到北端，给人以深邃阴森的感觉。该谜窟呈长方形，但东北角尚有很大一部分未挖掘，因而呈缺角矩形，是掘凿者有意不挖除，还是因故停止挖掘留下，仍是个不解之谜。

四号谜窟：这是工程最大的一个谜窟，进口先为一平台，右侧为陡峭石壁，左侧是盘壁而下的石阶，石阶与前几个谜窟一样是锯齿状。原阶距长达3米，从窟口到窟底深达20余米，阶道达50米以上，窟底较平整，面积约2000平方米，三根擎柱呈三角形分布，矩形方池在窟底中部。

五号谜窟：该谜窟规模较小，地面面积仅700平方米左右，该谜窟进口处有大量的土石未排出，梯道也埋在土石堆下。该窟呈矩形，三根擎柱呈南北向排列，矩形水池在东北角。

也有人说，龙游石窟没有谜。龙游石窟曾经深藏水底，当地人称其为深水潭。从石窟陈列馆展示的图文、录像资料中了解到，关于石窟形成之谜，说法有多种，囤兵、囤粮、祭祀、采石……使人产生丰富的遐想。

有人说，龙游石窟只是个废弃的地下采石场，并没有那么多的谜团。那一律的凿纹，与绍兴柯岩和吼山、温岭长屿硐天的痕迹大同小异。那么，龙游石窟为什么要向山中、地下采石，而不是露天开采呢？地质学家告诉我们，山体内部的石头，往往比山壳上的要松脆些，这对原始采石来说比较容易。

又有人问，石窟里为何有那么多厅、柱呢？也因为石质松脆，所以古人要在各采石区之间保留石壁，在厅中留几根石柱，以支撑山体，以至形成几个厅互不相通的格局。

至于厅壁为什么能那么薄？这并不需要什么高科技手段，经验丰富的采石工凭借敲击声就可以判断自己和对方的距离，煤矿营救不也常常借助敲击声吗？

还有人问，石料运向了哪里？紧邻石窟的衢江江阔水深，水运四通八达，还怕消耗不了小小的地下采石场吗？再看今日苏州规模浩大的采石场，吃掉了多少座石山，一千年后，谁能查知这些石料运向了哪里，难道这也可以归入千古之谜？

有人说石窟是用来囤兵的。遥想石窟的开凿，历时数年至数十年不等，而兵家胜负，瞬息万变，哪一个将军想囤兵，能先花那么些年去建造一个石窟？石窟形成后的千百年间，也许囤过粮、兵，也许曾用于祭祀，甚至住人，但这些都不能称之为谜。唯一能称之为谜的一处“石刻”，也许是山体自然的裂缝，也许是古人有意或无意而为之，但真有必要深究吗？

有人问，这么说来，难道是有人在故弄玄虚，凭空为世上添一个“谜”？于是，这个谜，究竟是不是谜，也成了一个无法解释的谜。